Voyager volta ao ano de 1996 mas não se fala das Guerras Eugênicas.

Voyager sobrevoando Los Angeles em 1996
Episódio "Future's End"
Voyager - Temporada 3 - Episódio 8

No episódio "Space Seed" da série clássica de Star Trek (e sua continuação subseqüente no filme Star Trek II: A Ira de Khan) ficou estabelecido que a Guerra Eugênica ocorreu na Terra em 1996. Quando a Voyager voltou no tempo para o mesmo ano em um episódio de duas partes chamado "Future's End" (Fim do Futuro), não houve qualquer menção sobre a guerra, porque os produtores queriam manter a série atual com a linha do tempo do mundo real. Há, entretanto, alguns indícios visuais para a tal guerra por usarem um modelo de brinquedo da S.S. Botany Bay - a nave do Episódio da Série Clássica - e uma foto de seu lançamento no escritório da astrônoma Rain Robinson.

Astrônoma Rain Robinson em 1996
Aparece no episódio "Future's End" da Voyager

O episódio "Space Seed" é o que nos apresenta o tirano Khan como o resultado das Guerras Eugênicas, e informam que ele seus seguidores fugiram para o espaço na nave S.S. Botany Bay que depois de quase 200 anos foi localizada pela Enterprise do Capitão Kirk, onde encontraram Khan e seus seguidores em câmeras criogênicas.

Fotografia do lançamento da S.S. Botany Bay
na década de 1990 levando o tirano Khan
e seus seguidores para viverem no espaço.